Hpv nin negatív c kmas, Főbb megállapítások
Tartalom
A PEL megértése gyenge, ezért a kezelési stratégiák hiányoznak. A nem rákos megbetegedések adataival való integráció gént PEL-specifikus onkogén függőségként azonosít. A PEL sejtvonalak genetikai követelményei nagymértékben függetlenek az Epstein-Barr vírus együttfertőzésétől.
Az NF-κB útvonal génjei egyénileg nem nélkülözhetetlenek. Összefoglalva, ez a munka átfogóan azonosítja a PEL sejtvonalak genetikai függőségeit és új terápiás beavatkozási stratégiákat azonosít.
Bevezetés A humán onkogén γ-herpesvírus Kaposi szarkóma-rokon herpeszvírusa KSHV primer effúziós limfómát PELKaposi-szarkómát és a limfoproliferatív rendellenesség multicentrikus Castleman-betegség altípusát okozza 1, 2, 3, 4. A PEL-k tipikusan az immunszuppresszió összefüggésében fordulnak elő, és a csípő utáni centrum B-sejtek klonális effúziójaként vannak jelen a testüregekben 5. Ennek ellenére ennek a betegségnek a prognózisa továbbra is gyenge, a medián túlélési ideje 6 hónap 7.
Így sürgősen szükség van jobb kezelési alternatívákra. A többi B-sejt-limfómában transzlokált vagy mutált genetikai lokuszok, mint például a MYC proto-onkogén vagy a p53 tumorszuppresszor fehérje TP53 tipikusan változatlanok a PEL 8, 9, ben.
Ehelyett a rák meghatározó jellemzője a KSHV jelenléte minden tumorsejtben. A vCYC a sejtciklus előrehaladását ektopikus expressziója után hajtja végre, de különbözik a celluláris D-típusú ciklinektől, mivel a ciklin-függő kináz 6-at CDK6 kötőpartnerként részesíti előnyben. A gén expressziós profilok a PEL sejtvonalak és tumorok transzkriptómát a plazmasejtes daganatokhoz legközelebb eső, leginkább a többszörös mieloma 30, 31, Ennek megfelelően a PEL-ek expresszálják a transzkripciós faktor interferon szabályozó faktor 4 IRF4amely a myeloma multiplexben kritikus onkogén, 33 magas szintjét.
Jelenlegi megértésünk arról, hogy mely gazdaszervezetekben kritikusak a PEL, valószínűleg hiányosak és nagyrészt a jelölt megközelítéseken alapulnak.
A kapott adatokat egy újonnan létrehozott többszörös mielóma adatállományból integráljuk, és 15 másik ráksejt-típusról publikált képernyőket. Elemzéseinkben nem-takarító gént PEL-specifikus onkogén függőségként definiálunk. Adataink azonosítják az új génfüggőségeket. Összességében elmondható, hogy munkánk részletesen megérti a PEL sejtvonalak genetikai követelményeit, és fontos vezetést jelent az új vizsgálati vonalakhoz és az új terápiás stratégiákhoz.
A multiplex myeloma a plazmasejt-differenciálódás státuszát osztja meg a PEL 31, tel. A részletes kísérleti munkafolyamatot és feltételeket az 1a. Kiegészítő adatok és módszerek foglalják össze.
A herpeszvírus primer effúziós limfómában a gén-esszenciális táj és a gyógyhatású onkogén függőség
Számos sgRNS jelentősen kimerült, de csak néhány dúsítás volt megfigyelhető, ami számos függőség létezését jelzi, de a tenyésztett PEL sejtekben kevés kifejezett genetikai felelősség kiegészítő ábra 1a. Képernyőnkben átlagosan gént találtunk, amelyek hamis felfedezési sebességgel FDR korrigált adj. P értéket adtak az sgRNS depletion adj.
Ez a levágás magában foglalhat mindkét gént, amelyek szigorúan nélkülözhetetlenek, és azok, amelyek nem alapvető fontosságúak, de növelik a fittséget. Ábra és alább. Ezért az azonosított génfüggőségek számának változása valószínűleg az egyes képernyők érzékenységét tükrözi a változó szerkesztési hatékonyság miatt.
Az összes adathalmaz génkészlet-gazdagítási elemzései GSEAs 44 kimutatták, hogy a sgRNS-ek várhatóan kimerülnek a háztartási funkcióval rendelkező gének esetében 1d. Ábra, e és kiegészítő adatok 7. A teljes puromicin szelekció után a sejteket 2—3 naponként szétválasztottuk és × sgRNS lefedettség mellett tartottuk.
A géneket az sgRNS kimerülési pontszámok szerint rangsoroltuk, a kimerült sgRNS-ekkel rendelkező gének az x -axis jobb végénél voltak. Annak tesztelésére, hogy az EBV jelenléte vagy hiánya a genetikai követelmények egyik meghatározó tényezője, a normál sgRNS-számlálásokon elvégeztük a fő komponens-elemzést PCA 1f.
Más fő komponensek PC5-ig elemzése hasonlóan nem tudta elválasztani az EBV-fertőzés státusán alapuló sejtvonalakat. A fentiekben a globális felügyelet nélküli klaszterezési elemzésekben kis számú differenciálisan szükséges gén hiányzik. Az EBV együttfertőzésén alapuló, differenciált követelményekre vonatkozó egyéni jelöltek így léteznek, és azokat a jövőbeni vizsgálatok során meg kell vizsgálni.
Szerviz információk
Fontos, hogy ezek a gének minden PEL sejtvonalban, vagy csaknem minden PEL sejtvonalban szükségesek, függetlenül az EBV együttfertőzésétől, genetikai hátterétől vagy a beteg kezelésétől. A képernyõink újabb függõséget mutattak az MDM2- rõl, amely negatív szabályozót kódol a p53 és pban.
A PEL sejtvonalak genetikai függősége. A géneket az adj medián alapján rangsoroljuk. A gének nagy része, köztük az NF-κB-ben pl.
Az LMBT-személyek mentális és fizikai egészsége
A sárga géneket háztartási géneknek tekintjük, a nem háztartási gének rózsaszínek. A PSOD-k körében zárójelben vannak. Az egyes dúsított útvonalakban szereplő gének száma meg van adva. A teljes eredmény a Kiegészítő adatokban található Teljes méretű kép A fenti PEL génfüggőség számos gént tartalmaz, amelyek háztartási funkcióval rendelkeznek.
A háztartási gének és a PEL-ben kifejezetten szükségesek megkülönböztetése érdekében összesen 60 CRISPR képernyőt elemeztünk, amelyek 16 különböző rákos sejttípust képviselnek 40, 41, 42, 43 2.
A ráktípusonként a sejtvonalak többségében kimerült gének medián adj. Ezeket a levágásokat úgy választottuk meg, hogy a hamis negatívokat vegyék figyelembe, és gént jelentsenek háztartási géneknek 2b. Ábra és kiegészítő adatok 9. Ezeknek a géneknek a eltávolítása a PEL génfüggőségek listájából olyan gént azonosít, amelyek kifejezetten szükségesek a PEL-ben, de valószínűtlen, hogy háztartási gének. Mivel a vírus latenciája szükséges a PEL-hez, az ilyen gének nem hagyományos onkogénnek tekinthetők a legszélesebb értelemben.
Ezek a két gén azonban nem minősülnek PSOD-knak, mivel mindkettőt háztartási génekként jelöljük 2a. A PSOD-k útvonali elemzése több anyagcsere-folyamatban résztvevő útvonalak gazdagodását mutatta 2. Ezek a gazdagodások a PEL sejtek specifikus anyagcsere-igényeire utalhatnak, amit egy olyan új irodalom is alátámaszt, amellyel a KSHV a fertőzött sejtek anyagcsere-állapotát újraszervezi A PEL egy nagyon ritka betegség, amely bonyolítja a klinikai vizsgálatok tervét.
Így a már rendelkezésre álló gyógyszerek repurposálása valószínűleg a PEL-ben hpv nin negatív c kmas kezelési hpv nin negatív c kmas legpraktikusabb lehetősége.
Ezeket a géneket ezért tovább vizsgáltuk. Mivel ezek a gének nem rendelkeznek háztartási funkciókkal, vonzó terápiás célpontokat képviselnek.
Ezeket az útvonalakat jelenleg kritikusnak tekintik a PEL-ben, de a releváns gének csak a sejtvonalak egy részhalmazában vannak 2a. És 3a. Még ezekben az esetekben is, ezekre a génekre irányító sgRNS-ek csak mérsékelten kimerültek 3c. Ábra, d. A validáláshoz kék színű géneket választottunk. A kulcs gének sgRNS-ének p- értékei az átvilágított sejtvonalakból.
Rhu Motorgumi webáruház - Motorgumi váltóméretek - A motorgumi specialista
A jobb oldalon a 16 rák típusának száma, ahol a releváns gén medián adj. A legmagasabb érzékenység elérése érdekében a klónális BC-3 és BCBL-1 Cas9 sejtvonalakon validálást végeztünk, amelyek 48 optimális és következetes génszerkesztést mutatnak, és megtartják képességüket a lizikus újbóli aktiválásra 3a.
A BCBL-1 Cas9-sejt-medencével és egy párosított klónnal végzett párhuzamos genom-széles képernyők általános eredményei hasonlóak voltak, ami azt jelzi, hogy a klón funkcionálisan hasonló a szülői sejtkészlethez kiegészítő ábra 3b. Azonban a sejtek klónjainak jobb szerkesztési hatékonysága megnövekedett érzékenységet és a jelentősen kimerült gének számának növekedését eredményezte, valószínűleg a fitness gének 1c.
Ezeket a sejtvonalakat felhasználva, a lentivirális sgRNS transzdukciót követően egyénileg célzott géneket célozunk meg 4. Az sgRNS transzdukciót követően az abszolút élő sejtszámot időközönként monitorozó áramlási citometriával vizsgáltuk.
Az LMBT-személyek mentális és fizikai egészsége
Ábra, g. Ezek az adatok tehát megerősítik, hogy az IRF4 valóban a legerősebb és specifikusan szükséges sejtgének közé tartozik a PEL sejtvonalakban.
Ezután célzott MDM2-t, egy onkogén E3 ubiquitin-ligázt, amely a tumorszuppresszor p53 fehérjék hpv nin negatív c kmas lebomlását váltja ki 3a. Az MDM2 szerepét a PEL sejtek túlélésében a Nutlin -3a-val történő farmakológiai gátlása mit kell kezdeni a hiperkeratózisos papillómával jelezte, de közvetlenül nem igazolták 9,